(1) įrangos pasirinkimas. Renkantis farmacijos įrangą kyla tam tikrų problemų, tokių kaip pasirinkimas remiantis patirtimi (neatlikus faktinių skaičiavimų arba nepakankamai apskaičiuojant duomenis), aklas siekis tobulėti ir nepakankamas fizinių duomenų tyrimas, kurie daro didelę įtaką įrangos praktiškumui ir ekonomiškumui.

(2) įrangos montavimas ir mokymai. Montuojant farmacijos įrangą, dažnai atkreipiamas dėmesys į statybos eigą, ignoruojant statybos kokybę, todėl vėlesniu laikotarpiu padidėja įrangos priežiūros išlaidos. Be to, nepakankamas įrangos priežiūros ir eksploatavimo personalo mokymas taip pat kelia riziką farmacijos įrangos valdymui ir priežiūrai.

(3) nepakankamos investicijos į informatizacijos valdymą ir priežiūrą. Šiais laikais, nors daugelis įmonių teikia didelę reikšmę įrangos valdymui ir priežiūrai, taip pat įrangos priežiūros įrašų valdymui ir pagrindinių parametrų registravimui ir kai kuriuos jų jau įgyvendino, tačiau vis dar išlieka tam tikrų problemų, pavyzdžiui, sunku nuolat teikti priežiūros duomenis, trūksta veiksmingos farmacijos įrangos specifikacijų informacijos, tokios kaip specifikacijos, brėžiniai ir kt., o tai dar labiau apsunkina įrangos valdymą, priežiūrą ir rekonstrukciją.

(4) valdymo sistema. Dėl veiksmingos valdymo sistemos ir metodų trūkumo farmacijos įrangos priežiūros personalo valdymas yra nepakankamas, priežiūros personalo darbas nėra standartizuotas, o farmacijos įrangos valdymo ir priežiūros procesas palieka paslėptų pavojų saugai.